Obec Klášterská Lhota je jednou z nejstarších na nejhořejším Labi a vznikla v 1. polovině 13. století. Před rokem 1250 nedaleko ní (na katastru dnešní obce) založili opatovičtí benediktini proboštství a dnešní ves patřila k jeho kmenovému majetku. Ačkoli proboštství bylo na počátku husitských válek vypáleno a již nikdy nebylo obnoveno, zůstala památka na něj v názvu vsi a to jak českém - Klášterská Lhota, tak do roku 1945 užívanějším německém - Monchsdorf.
Stříbrný štít s červenou patou (půdou) v ní stojí vpravo natočený mnich benediktin v černém hábitu a černém škapulíři s kapucí. Svou pravou rukou se opírá o hůl přirozené barvy zakončenu křížem.
List vlajky je rozdělen černým kosmým břevnem o šířce 1/8 výšky praporu. Takto oddělená spodní část (při žerdi) je červená, vrchní část (při vlajícím okraji) bílá.